Nella tua legge regionale leggo che decorsi 6 mesi dal controllo, in assenza di regolarizzazione, l'autorizzazione ? revocata. Detto questo, in ogni caso, il comune ha il dovere di dare certezza ad una procedura e di concluderla con provvedimento espresso. A parere mio sei in ritardo sull'adozione di un provvedimento che dovresti adottare. La revoca avrebbe effetto anche sul subentrante.
Per le altre cose, tieni separate le dinamiche giuridiche di diritto privato da quelle amministrative. Il contratto fra privati riguarda il trasferimento del bene "azienda". E' un bene privato che puo' liberamente essere venduto, affittato, donato, ecc. Questo a prescindere dalla sfera giuridica personale afferente al proprietario. In altre parole, tizio puo' vendere l'azienda a Caio. In teoria, il trasferimento aziendale porta con se' anche i beni immateriali come una posizione abilitativa amministrativa. Tuttavia, se Caio non avesse i requisiti morali/personali per l'esercizio dell'attivita', il comune non potrebbe avallare la sostituzione nella titolarit? delle abilitazioni. Questo pero' non si rifletterebbe sul contratto fra privati: l'azienda e' legittimamente trasferita in ogni caso.